御本尊・不動明王尊像は、崇徳天皇の代、保延3年（1137）真言宗中興の祖・興教大師・覚鑁上人が43歳の厄年を無事にすまされた御礼として、一刀三礼敬刻され、紀州・根来寺に安置されたものです。

その後、天正13年（1585）、豊臣秀吉勢の兵火に遭った際、根来寺の大印僧都が尊像を守護して葛籠に納め、それを背負って東国へ下りました。やがて隅田川のほとりに有縁の霊地を定め、天正19年（1591）堂宇を建立しました。これが薬研堀不動院のはじまりです。幾多の変遷がありましたが、明治25年（1892）真言宗智山派大本山川崎大師平間寺の別院となり、今日に至っています。